Alisa Mikhailovna Kujou es considerada la ídolo de su instituto. Ha conquistado los corazones de innumerables estudiantes varones y es admirada por todos los demás, pero todos desconfían de esta chica casi perfecta.

El joven entrenador Ash y su amigo Goh se convierten en colegas de investigación en el laboratorio del profesor Cerise y recorren el mundo para conocer más sobre Pokémon.

Ash, Misty y Brock aceptan la invitación de un misterioso entrenador y conocen a Mewtwo, un Pokémon artificial creado para destruir.