Jonathan Kent y su compinche Damian Wayne tienen la carga de salvar al mundo de una muerte inminente. Ambos deben unir fuerzas para rescatar a sus padres y salvar el planeta convirtiéndose en los superhéroes que estaban destinados a ser.

Los primeros años de los héroes de Madagascar Alex el León, Marty la Cebra, Melman la Jirafa y Gloria la Hipopótamo, mientras crecen en un hábitat de rescate en el zoo de Central Park.