En 1879, Kenshin y sus aliados se enfrentan a los enemigos más poderosos que jamás hayan conocido: su excuñado Enishi Yukishiro y sus secuaces, que juraron venganza.

La historia del aula de asesinatos y su profesor víctima continúa con los propios conflictos de los estudiantes, la identidad de Korosensei y el destino del mundo a medida que se acerca la fecha límite para el asesinato.