En un futuro devastado por "El Rapto Silencioso", un prisionero navega un océano de sangre en una luna desolada usando un submarino llamado "Iron Lung" mientras busca estrellas y planetas perdidos.

Cuando una batalla con el Dr. Eggman destruye el universo, Sonic emprende una carrera contrarreloj por dimensiones paralelas para reencontrarse con sus amigos y salvar el mundo.